El Programa tiene varias categorías de beneficiarios:

1.Beneficiarios Individuales: pequeños y medianos empresarios, profesionales, investigadores de Arequipa y jóvenes creativos.

2.Beneficiarios Institucionales: que son las entidades que conforman la Plataforma Institucional del Programa CID-AQP: (Gobierno Regional de Arequipa GRA, Cámara de Comercio e Industria de Arequipa CCIA, Centro de Estudios para el Desarrollo Regional CEDER, Universidad Católica de Santa María UCSM , Concejo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica CONCYTEC).

Además cada rama económica esta articulada por su respectiva plataforma productiva:

Son beneficiarios también otras entidades vinculadas con el Programa CID-AQP, a través de actividades específicas como por ejemplo: La Municipalidad Provincial de Arequipa, Las Direcciones Regionales Comercio, Turismo, Producción, Agricultura, La Universidad Católica San Pablo, la Universidad San Agustín de Arequipa y diversas Organizaciones no Gubernamentales.